۱٫ جایگزین کردن آنها دشوار است

برای یک قفل معمولی یا حتی رمزدار تغییر رمز یا کلید کار آسانی است؛ ولی اگر قفل اثر انگشت دچار مشکل شود نمی تواند اثر انگشت خود را تغییر دهید.

۲٫ قطع برق

از آنجایی که این قفل ها به برق نیاز دارند اگر برق قطع شود دیگر کار نمی کنند. یکی از راه حل های این مشکل نصب سیستم برق اضطراری است تا در صورت قطع برق با استفاده از باتری بتوان از این قفل ها استفاده کرد.

۳٫ عدم شناخت اثر انگشت

برخی اوقات این قفل ها ممکن است اثر انگشت شما را تشخیص ندهند؛ این مشکل به دلیل دست های چرب یا صفحه ی اسکنر کثیف پیش می آید. اگر این اتفاق زیاد تکرار شود آزاردهنده و مشکل ساز خواهد بود. برای مثال شما در روزی که باران شدیدی می بارد به منزل می رسید و دست هایتان خیس است و قفل در باز نمی شود زیرا اثر انگشت شما را تشخیص نمی دهد.

۴٫ ثبت اثر انگشت همه ی افراد منزل

همان طور که در قفل های مکانیکی باید به همه ی افراد منزل کلید بدهید این قفل ها هم برای ورود نیاز به اثر انگشت همه ی افراد منزل دارند. در سیستم مکانیکی بدون نیاز به حضور شما از روی کلیدها ساخته می شود و شما خیلی راحت آنها را به همه ی اعضای منزل می دهید؛ ولی برای این قفل ها همه ی افراد باید حاضر باشند تا اثر انگشت آنها در سیستم وارد شود.

تصور کنید فردی برای شما بسته ای آورده است و هیچ کس خانه نیست. در سیستم سنتی شما می توانید کلید را به همسایه بدهید تا به جای شما بسته را تحویل بگیرد و داخل خانه بگذارد. ولی در قفل های اثر انگشتی شما قبل از اینکه اثر انگشت کسی را به سیستم وارد کنید به هیچ وجه نمی توانید این کار را انجام دهید.

۵٫ خطر برای خودِ شما

اگر کسی بخواهد وارد منزل شما بشود باید انگشت شما را قطع کند تا از اثر انگشت تان استفاده کند. این مورد خیلی به ندرت اتفاق می افتد ولی باید احتمال هر چیزی را در نظر گرفت. قفل های مکانیکی سنتی این مشکل را نداند و تنها کافیست کلید شما دزدیده شود تا بتوان به منزل وارد شد.